根管治疗时医生只能根据x光片和根尖定位仪对根管系统进行大致了解，如遇复杂根管，如弯曲，狭窄，钙化阻塞，根管侧支等特殊情况，根管治疗的难度就会增加，需要特殊的设备和材料，治疗的时间和费用也会相应增加。此外，在对复杂根管进行根管治疗的过程中，根管预备器械可能会发生折断，多数情况不必强行取出折断器械，该器械可以作为根管充填材料的一部分留在根管中，不会对机体造成伤害。
根管治疗中及治疗后，患牙可能会感觉疼痛不适，多为正常治疗反应，会逐渐减轻。也有个别情况患者会在相当长一段时间内都感到患牙不适，只要不是逐渐加重，仍可采取观察的方法，但应遵守医嘱按时复查。但如果疼痛逐渐加重，甚至伴有局部肿胀和全身不适，则应及时就诊。
根管治疗中及治疗后，牙齿抗折能力下降，一旦发生劈裂，则前功尽弃，需拔除患牙。因此治疗后应小心使用患牙，避免咀嚼硬物，并遵医嘱尽快行全冠修复或桩冠修复，以达到保存患牙的最终目的。
